К событиям «Ледникового периода 3» жизнь главных героев мультфильма потерпела некоторые изменения. Мамонты Манфред и Элли ожидают появление на свет своего детёныша; саблезубый тигр Диего впал в раздумье о том, не стал ли он слишком «мягкотелым» в компании своих друзей; ленивец Сид, бредя желанием создать собственное племя, решился украсть несколько яиц динозавра. Отправившись спасать Сида, друзья попадают в таинственный растительный мир, скрытый под толщами льда, где они сталкиваются с динозаврами и агрессивной окружающей средой, а так же знакомятся с охотником на динозавров — лаской по имени Бак.

Крысобелка Скрэт (который вновь случайным образом стал виной глобальной проблемы, открыв путь в мир динозавров) по-прежнему гоняется за своим орехом, но на этот раз у него появился конкурент — крысобелка Скрэтти, однако, одновременно с одержимой борьбой за орех, эти двое влюбляются друг в друга.

Теперь не только мир волшебников, но и мир маглов ощущает на себе все возрастающую силу Волан-де-Морта, а Хогвартс уже никак не назовешь надежным убежищем, каким он был раньше. Гарри подозревает, что в самом замке затаилась некая опасность, но Дамблдор больше сосредоточен на том, чтобы подготовить его к финальной схватке, которая, как он знает, уже не за горами. Вместе они пытаются разгадать секрет бессмертия Волан-де-Морта, а для этого Дамблдор приглашает на должность преподавателя по зельеварению своего старинного друга и коллегу — профессора Горация Слизнорта, который обожает устраивать вечеринки для избранных и гордится своими обширными связями в высших кругах. Но этот бонвиван и не подозревает, что как раз от него Дамблдор надеется заполучить самую важную информацию о крестражах.

Тем временем учеников атакуют самые разные враги, а подростковые эмоции хлещут через край. Гарри начинает понимать, что становится все более неравнодушным к Джинни, однако, и Дин Томас тоже. А Лаванда Браун вбила себе в голову, что Рон — тот самый единственный, которого она ждет, да вот только не учла волшебного эффекта шоколадных конфет Ромильды Вейн! Ну и, наконец, Гермиона пылает жгучей ревностью, но старается не показывать своих чувств. Пока романтические отношения расцветают, лишь один ученик остается в стороне. Он твердо намерен оставить свою метку, темную метку. Любовь витает в воздухе, но впереди ждет беда, и Хогвартс, возможно, уже никогда не будет прежним.